通過深圳金稅三期個人所得稅扣繳系統，用戶錄入個稅申報信息，自動計稅并生成申報表，通過網絡發送到稅務局端的網上申報系統，局端管理系統對信息進行分析受理反饋，同時將扣繳信息交地稅征管系統進行扣款，完成個稅申報納稅過程。另外軟件包中附帶了詳細使用說明書，歡迎免費下載。
需要注意的是：用戶在安裝深圳金稅三期系統時，會強制安裝易稅門戶V3.0.157，以及微門戶電子稅務局客戶端V1.0.041 ，是企業必備的辦稅軟件，請放心安裝。
申報流程
1、基礎設置
選擇信息獲取方式，并點擊“下載”。工作電腦有網絡則選擇“網絡下載”，沒有網絡則選擇“介質導入”，介質包需到所屬主管稅務機關辦稅大廳獲取。
2、人員登記
進入“金稅三期個人所得稅扣繳系統”界面，點擊左側向導欄的“人員登記”，人員登記可選擇“添加”或者“導入”。
在之后的界面，點擊“添加”，逐個錄入員工信息。其中“姓名”、“證照類型”、“證照號碼”等帶*的“基本信息”為必填項。員工信息除手工添加外，也可點擊“導入”。
3、報表填寫
人員信息錄入后，點擊左側功能菜單“報表填寫”列表中的“扣繳個人所得稅報告表”，出現如圖所示;
根據不同所得項目選擇不同報表點擊填寫，以最常用的“正常工資薪金”為例，點擊“導入”-“生成零工資記錄，用戶手工修改”，點擊“確定”。
4、申報表報送
本月所有所得項目填寫完畢之后，點擊左側功能菜單的“申報表發送”，核對數據無誤之后點擊【發送申報】，稍后點擊【獲取反饋】，當您申報成功后，報表的申報狀態會由“未申報”變更為“申報成功”。(注意：對于同一個單位，一個月只能進行一次正常申報。也就是說，如果您單位涉及多個項目的收入，需要填報完對應的所有申報表后，再進行申報表報送的操作。
5、網上繳款
如果單位當月有稅款需要繳納，請在申報成功之后，點擊左側功能菜單的“網上繳款”——“稅款繳納”進行繳款。
6、申報更正
申報成功后，如果發現申報數據有問題，出現多報稅、少報稅、漏報稅等情況，可在系統中進行修改后重新申報。
7、查詢統計
可進行申報明細查詢、申報情況查詢。
軟件特點
1、金稅三期優化系統以簡捷高效為目標，優化重組業務，明確受理即辦事項，精簡處理環節，實現稅務事項的多業務處理模式。
2、金稅三期優化系統業務框架實現了全覆蓋：覆蓋各層級國、地稅機關征管的全部稅（費）種，覆蓋對納稅人稅務管理的各個工作環節。
3、加強納稅遵從風險管理。引入風險管理理念，將提高稅法遵從度作為稅收管理的戰略目標；立足于風險防范，著眼預警提醒，聚焦高風險領域和對象。
4、金稅三期優化系統通過建設國稅、地稅統一標準的核心征管應用系統，實現國地稅業務交互、信息實時共享，加強共管戶的管理，實現聯合登記、聯合雙定戶核定、聯合信用等級評定、申報信息共享，提高雙方信息采集準確率，達到國地稅雙方強化稅源管理、提高稅源管理水平的目的。
金稅三期上線后，在申報繳款規則上有什么變化？
答：按照國家稅務總局的統一規范，金稅三期上線后，主要變化包括：（一）經過稅費種認定后才能進行納稅申報：企業所得稅、個人所得稅（包括扣繳個稅和生產經營所得個稅）、增值稅（消費稅）附加稅費必須要有有效的稅費種認定，才能進行納稅申報，納稅人可以通過涉稅查詢的“登記信息查詢－稅費種認定信息”功能查詢已認定的稅費種信息。如果納稅人沒有有效的稅費種認定信息，請聯系主管稅務機關。
（二）按期申報的稅種每期只能申報一次：增值稅（消費稅）附加稅費按月(季)申報、企業所得稅季度(年度)申報、個人所得稅生產經營所得季度(年度)申報、個人所得稅按月扣繳工資薪金所得等按期申報的稅種，在金三系統中每期只能申報一次，如果納稅人有申報錯誤或者需要補申報的，請前往辦稅服務廳進行申報更正。
（三）附加稅費零申報：根據國家稅務總局《關于合理簡并納稅人申報繳稅次數的公告》（國家稅務總局公告2016年第6號）規定，隨增值稅、消費稅附征的城市維護建設稅、教育費附加免于零申報。如果本屬期內納稅人已經在深圳國稅進行了增值稅、消費稅的零申報，則無需進行附加稅費的申報。
（四）房產稅申報變化：從價計征的房產稅必須按季度申報，且一次操作完成所有房產的申報。如果以前已經有按月申報信息的，2016年第三季度申報時會自動計算剩余月份的稅額。如果因為稅源登記信息不準確而導致申報錯誤的，請前往財產所在地稅務機關修改您的稅源登記信息并進行更正申報。從租計征的房產稅需經稅務機關進行稅種認定后按月申報。
（五）城鎮土地使用稅申報變化：城鎮土地使用稅必須按半年申報，且一次操作完成所有土地的申報。如果以前已經有按月申報信息的，2016年下半年申報時會自動計算剩余月份的稅額。
（六）扣繳外國企業稅收報告表變化：金稅三期扣繳外國企業所得稅報告表只能進行企業所得稅的扣繳，需要代扣代繳增值稅（消費稅）附加稅費、代扣代繳印花稅的，目前只能到地稅辦稅服務廳辦理。
